A Chakra az ember szellemi és fizika erejének a keveréke, ennek függvényében 5 féle lehet: Tűz, Víz, Villámlás, Szél és Föld. Ennek a két erőnek a keverékéből állítódik össze egy olyan erő, amivel aztán képes különböző Jutsu-kat (Ninjutsu, Genjutsu és Taijutsu) véghezvinni. A Jutsu véghezvitele alatt, a Chakra megfelelő helyre való irányításán kívül, még kézpecséteket is kell alkotniuk. A Jutsu végső formáját a Chakra irányítása és a kézpecsétek megfelelő sorrendje határozza meg. A kézpecsétek számtalan kombinációban léteznek, így Jutsuból is számtalan van.

A Chakra egy olyan belső energia, ami a Chakraereken belül kering a szervezetben. Ezek az erek behálózzák az egész testet és körülveszi az összes belső szervet és sejtet, még a proteineket is. Ezt a Chakrafolyamot ami ezekben az erekben kering, képesek vagyunk mentálisan irányítani. Ez a keringési rendszer rendelkezik 361 ponttal ahol képesek vagyunk ezt kiáramoltatni, ezeket a pontokat Tenketsu-nak nevezik. A tenketsut, ha pontosan eltalálják, akkor serkenthető, vagy megállítható a Chakra áramlása azon a ponton, ezeket a pontokat egyedül a Hyuuga család vérvonal képességével (Byakugan) lehet látni. A keringési rendszerben ezen felül létezik 8 kapu, ahol a legtöbb ilyen Tenketsu található, ezek a kapuk irányítják a Chakra áramlást. Az első kapu a "Nyitás" kapu, a második az "Energia" kapu, a harmadik az "Élet" kapu, a negyedik a "Sebesülés" kapu, az ötödik az "Erdő kapu", a hatodik a "Látvány" kapu, a hetedik az „Őrület” kapu és végül a nyolcadik a "Halál" kapu. A kapukat nagy megerőltetéssel ki lehet tárni, és ezzel a különböző mentális gátakat lehet áthágni és a használója még a tízszeresére is növelheti az erejét, viszont ezt a szervezet meglehetősen megsínyli. Amennyiben mind a 8 kapu kinyílik, abban az esetben a használó nagyobb erőre tesz szert, mint egy Hokage, de a használatába belehal.

Egy technika eredményes használatához nagyon precíz Chakra irányításra van szükség, amennyiben az irányítás nem tökéletes, a technika sem fogja a várt hatást kifejteni és a belefektetett Chakra elvész. Létrehozható a technika nem tökéletes Chakra irányítással, de akkor ahhoz, hogy a kívánt eredmény érjük el, több Chakrát kell az adott Jutsuba belefektetni és így hamar kimerül a használója.